肾病综合征患者比较常见的并发症是感染、血栓和栓塞、急性肾衰，还有蛋白质和脂代谢紊乱。
这些并发症最常见的就是感染和栓塞。主要是因为肾病综合征患者，因为长期的疾病导致存在营养不良，以及免疫状态异常、应用糖皮质激素等药物，造成抵抗力降低，所以呼吸道、泌尿系统以及消化道，就很容易发生感染的情况。因为凝血和纤溶系统的异常，以及高脂血症、血小板功能亢进等原因，就会导致患者出现肾脏血管的静脉栓塞，以及双下肢血管的栓塞。
少数患者会出现急性肾衰，主要是由于肾间质的水肿或者双肾静脉血栓所导致的。