烂牙根如果不能够及时拔除，有可能会导致咬合关系紊乱。
牙根如果烂的比较严重，不拔除有可能会导致根尖周炎，牙槽骨内有炎性物渗出，会使牙槽骨吸收缺损，引起长时间的肿痛不适。如果此时身体免疫力比较低下，会导致细菌数量增多，感染如果扩散到面部软组织间隙，容易导致蜂窝织炎。
还有可能引起菌血症，还可以导致口内牙列紊乱，使患者对颌的牙齿伸长，两侧相近牙齿向烂根处倾斜，从而引发整个口腔的咬合关系紊乱，对于以后的镶牙也会带来很大的麻烦。