食管结核一般通过抗结核的药物治疗后，可以达到非常理想的效果。
服用抗结核药物治疗时，要求联合、足量、全程。由于抗结核药物对于肝脏的损伤比较大，服药期间需配合保肝的药物进行治疗。
随时到医院复查病情的变化，如病情加重，可以在服用药物的同时，选择手术治疗效果会更好，需手术的指征包括：
1.正规抗结核治疗，病灶继续增大。
2.食管纤维化，产生食管腔瘢痕性狭窄。
3.纵隔淋巴结结核压迫食管，引起梗阻症状者。
4.不能除外食管肿瘤者。