青霉素是指一些天然青霉素药物，比如青霉素G、青霉素V等。而阿莫西林属于半合成的青霉素类药物，所以这是和青霉素的主要区别。
这两个药物在应用和抗菌方面也是有区别。比如青霉素G只能用于注射针剂，而不能通过口服用药。但是阿莫西林的应用比较广泛，其既有口服制剂，也有注射制剂。
阿莫西林的药物研制是在天然青霉素的基础上，所取得的半合成抗生素药物。其结构经过优化，所以对革兰阴性菌的抗菌性，要强于青霉素。