导致女性出现隐匿性肾小球肾炎的原因非常复杂，和男性一样，目前还不是十分的清楚。通常来说，隐匿性肾小球肾炎主要发病原因就是一种自身免疫反应性疾病，也就是说免疫复合物的形成，在肾脏沉积导致肾小球损伤。
具体来说，是由于各种病原体侵入人体以后，体内的防御机构就会产生抵抗这些病原体的物质，称之为抗体。在抗体抵抗抗原的过程中，有两种情况会发生，一种情况是战胜了侵入人体内的病原体，疾病就会痊愈。另外一种情况是在抗体抵抗抗原时，同时也会破坏自身组织而引起疾病，这就是不正常的免疫反应。隐匿性肾小球肾炎就是通过这种免疫作用造成肾脏损害。
当然，隐匿性肾小球肾炎的发生大多在寒冷、潮湿、天气容易变化的季节。过度劳累、发热也是容易诱发肾小球肾炎的发生。