不同部位不同程度的咽喉囊肿，手术需要的时间不同。
1.如果囊肿能明显地看到，暴露在外面，一般10~30分钟就可以做完手术。如果囊肿体积比较大，并且与舌根粘连已经侵犯声门，不仅难发现，而且手术比较困难，因此会造成手术的时间延长。手术时间的长短跟患者的颈部肥胖也有关系，若颈部粗短会导致麻药不耐受，而且注射麻药后嘴巴无法打开，导致手术时间延长。
2.不同手术的切除方法、需要的时间不同，如果局部麻醉手术时间大概在半个小时，若是全身麻醉手术，一般在1~1.5小时左右。