血吸虫病的诊断，根据是否有接触过疫水，并结合发热、腹泻等主要症状、体征及寄生虫学检查、血清免疫学检查、血象检查结果等予以诊断。
血吸虫病的诊断包括病原诊断和免疫诊断两大部分。患者的确诊从粪便中检获虫卵或孵化毛蚴。从粪便内检查血吸虫虫卵和毛蚴以及直肠黏膜，活体组织检查虫卵称病原学检查，是确诊血吸虫病的依据。
免疫学诊断包括检测血清中循环抗体、循环抗原和循环免疫复合物。结合临床症状是否有腹痛、腹泻或脓血便。多数以左叶为主的肝脏肿大，少数伴脾脏肿大。