先天性心脏病不同的种类，不同的情况上，对手术也有不同的手术指征。
有些先天性心脏病是不需要手术的，比如房间隔缺损、室间隔缺损，但是缺损面积不应该太大，基本上维持在2~3毫米之间，可能会有自愈的情况。而有一些轻微的肺动脉狭窄，在没有心室扩张的情况下也并不需要手术处理的。
但如果心脏结构畸形，比较复杂，比如法洛四联症，同时心脏畸形对心脏的血流造成影响，应该选择早期手术。因为其并没有自愈的可能性，时间越晚对孩子心脏损伤的几率越大。