目前随着腹腔镜手术越来越完善，适应症越来越多，手术应用也越来越广泛，在手术后也会引起相应的副作用。
第一，在妇科做腹腔镜手术的时候，有时穿刺会穿破腹膜后腹主动脉，一旦出现上述损伤应立即开腹手术。
第二，在做腹腔镜手术时，有时会引发脏器的损伤，例如膀胱、肾脏、肠管等损伤。
第三，有呼吸系统疾病患者在做腹腔镜手术时，会吸入大量的二氧化碳，引起二氧化碳蓄积，出现呼吸衰竭。
第四，在做腹腔镜手术后可出现上腹部不适，一般在术后多日可自行消失。