亚急性甲状腺炎和化脓性甲状腺炎是不一样的，亚急性甲状腺炎主要分为亚急性肉芽肿性和亚急性淋巴细胞性甲状腺炎两个类型，两型均为亚急性的临床过程，均与免疫因素有关，但亚急性的淋巴细胞性甲状腺炎本质是一种自身免疫性的甲状腺炎。
治疗方法主要是对症处理，症状较轻者，不需要特殊处理，可适当地休息，并给予非甾体类的抗炎镇痛剂，比如阿司匹林或吲哚美辛等等，疗程两周，对于疼痛剧烈或顽固性疼痛患者，可以应用依托考昔等止痛抗炎效果更佳的一些药物。
第二，必要的患者可以应用糖皮质激素来进行治疗，糖皮质激素具有抗炎和缩短甲亢期的病程等作用，全身症状较重，持续高热，甲状腺肿大，但压痛明显者，可采用糖皮质激素治疗。
化脓性甲状腺炎是需要抗生素治疗的，亚急性甲状腺炎与化脓性甲状腺炎的治疗是完全不同的。