泪腺囊样腺癌的发病原因不祥。
有些患者和周围环境中的物理因素有关，比如有些人长期接触放射线，射线可以对泪囊部位进行照射，导致细胞发生变异，导致癌变。有些患者可能长期接触有毒的物质，比如苯，有害的化学物质可以对患者的细胞造成刺激，诱发癌变。有些患者可能和遗传的因素有关，有些家族中可能存在致病的基因。有些患者发生泪腺囊样腺癌可能是其它部位的恶性肿瘤转移而来。
泪腺囊样腺癌的发病机制比较复杂，可能和多种因素的刺激有关。