附睾炎是一种非特异性的感染性的疾病，当附睾炎发作时要首先应用广谱的抗生素抗感染治疗，在使用抗生素之前要尽量留取细菌培养并做药敏感实验，必要的时候可以根据检查结果来选择对致病菌敏感的抗生素。
如果附睾炎未能及时有效的控制，可能会导致附睾脓肿形成，此时需要行脓肿切开引流术。中药治疗对于附睾炎的消炎也是有较好的疗效的，可以在应用抗生素治疗的同时，辅助中药对症治疗。
此外对于衣原体感染所导致的附睾炎，其治疗大多选用大环内之类抗生素，并且需要联合使用激素治疗。