婴儿鹅口疮一般无需口服抗真菌药物治疗，以局部治疗为主，常用2%的碳酸氢钠溶液于哺乳前后清洁宝宝口腔，也可局部涂抹制霉菌素鱼肝油混悬溶液，一般每日2~3次。
可辅以益生菌等肠道微生态调节剂及维生素B2、维生素C等口服，进而促进机体上皮细胞的修复、提高机体免疫力并抑制白色念珠菌的生长。
本病极易复发，应注意加强营养，并注意哺乳卫生，母乳喂养者每次哺乳前应认真清洗母亲的双手及乳头，人工喂养者奶瓶、奶嘴等用具应勤清洗、消毒，必要时更换。