室间隔缺损手术后遗症可以出现很多种，首先就是在术后皮肤容易出现瘢痕。进行外科手术，无论哪种手术方式，都可能会出现或轻或重的瘢痕。
其次，残余的分流现象。室间隔缺损手术后，很可能遗留残余的分流现象。残余分流在手术后也会残留很长一段时间，但大多数情况可以自行恢复。如果残余分流过大，临床上需要进行封堵手术解决分流的问题。
其他可能出现的后遗症是心律失常，手术后患者可能会出现三度房室传导阻滞等现象。一旦出现这种情况，大部分都需要通过植入起搏器进行治疗。