窦性停搏和长间歇的区别主要是产生的原因不同。窦性停搏的产生和窦房结本身的病变有关系，是由于窦房结一过性的不能产生窦性激动，从而导致心电图出现心动过缓现象发生。
而长间歇的现象除了窦性停搏引起长间歇之外，其他的因素，比如心房颤动持续存在，会引起长间歇现象的发生。其他的心律失常，比如心脏早搏以及阵发性心动过速终止之后，也有可能引起长间歇现象的发生。
此外，窦性停搏现象常常引起患者出现头晕以及视物黑蒙的症状表现，但长间歇现象，尤其是心房颤动合并的长间歇，不一定会引起症状发生。