流感病毒性肺炎自愈的可能性较小，需要及时给抗病毒治疗，神经氨酸抑制剂类的抗病毒药物，可以抑制流感病毒的复制，降低病毒的致病性，减轻病毒感染症状，还可以缩短病程，减少并发症的发生。药物有奥司他韦、扎那米韦等。
流感病毒感染后疾病的恢复与病毒的毒力、机体自身免疫状况相关，对于一些年老体弱者患流感肺炎后症状多比较重，且病死率也较高。
而如果是平时机体免疫力正常的青年人感染流感后，而且流感病毒毒力不强时，一般经及时的抗病毒治疗及对症处理后，可以治愈，预后多良好，不会留有后遗症。