巧克力囊肿手术之后，如果又出现复发的，主要是根据复发后的具体囊肿大小，根据病人的年龄，根据病人的身体健康情况来处理。
如果病人已经接近于围绝经期的情况下，对于复发的巧克力囊肿，相对比较小的情况下，可以对症给予处理。如果出现痛经，就积极给予痛经治疗，口服丹莪妇康煎膏会起到很好的治疗功效。
随着女性月经出现绝经、卵巢功能衰退，这种囊肿就不再生长，甚至会出现萎缩。如果是巧克力囊肿相对比较大的情况下，只能是再手术，并且在手术之后积极给予用药，预防复发的可能性。
如果不手术，有可能会随着囊肿的增大，压力的增大，导致破裂，造成严重后果。