肛门直肠周围脓肿的病因主要有以下几点：
1、感染性因素：现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
2、医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。
3、手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
4、直肠内异物损伤后感染，放线菌病，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。