成熟畸胎瘤虽为良性肿瘤，但可发生扭转、破裂及感染等并发症，且极少数病例有恶变可能，故在治疗方面应采取手术切除。手术方式宜采取肿瘤剥除术，以保留患侧卵巢的正常组织，可选择开腹手术或腹腔镜手术。剥除肿瘤时，应注意尽量勿将肿瘤弄破而使肿瘤内容物污染腹腔或术前预处理（剥除时提前将标本袋放入盆腔内）。
由于成熟畸胎瘤双侧发生的可能性为8%～24%，且小的肿瘤仅数毫米直径，故手术时必须仔细检查对侧卵巢。