肛周脓肿发展成肛瘘，首先考虑是因为肛周脓肿没有得到及时的处理，脓包内的压力增高后脓包自行破溃，脓包逐渐缩小。而里面的脓液又没有彻底清理干净，最终形成一个瘘道导致肛瘘。
肛周脓肿做手术切开后，如果没有注意伤口的护理，没有做好引流和消毒导致外口愈合较快，而内口没有长出新鲜的肉芽形成假性愈合，最终会发展成肛瘘。如果患者免疫力下降会滋生大量的细菌，再次形成肛周脓肿，从而形成多个外口和瘘管，形成复杂性的肛瘘。
因此，肛周脓肿的患者一定要到正规的医院肛肠科手术治疗，并要做好伤口的护理，避免形成肛瘘。