脊索瘤和垂体瘤的组织类型、发生部位以及预后不一样。其中脊索瘤是发生在脊髓、颅底多见，是先天的胚胎组织残留后，在后天发育过程中出现恶变导致的一种疾病，一般预后比较差。
而垂体瘤是垂体组织细胞异常生长引起的，由于垂体瘤位于垂体窝内，如果垂体瘤体积增大可能会压迫视神经引起视力障碍。如果垂体瘤是有功能的，由于产生激素过多引起全身严重的功能异常。
所以，可以通过检查核磁或者CT来明确诊断，通过手术切除组织，并且组织病理检查来明确诊断。垂体瘤一般预后比较好，在随诊时候可以检查鞍区核磁来了解恢复情况。