变性性近视的眼底损害包括黄斑区视网膜色素上皮与RPE，与脉络膜毛细血管呈地图样萎缩、视盘斜入、视盘颞侧萎缩弧，或视盘周围萎缩环，黄斑下脉络膜新生血管膜形成豹纹状眼底等等。后极部，特别是黄斑区，可出现斑块状脉络膜大血管裸露区，严重影响视力。
对于新发现的黄斑区新生血管，可以进行玻璃体腔注射抗VEGF药物，例如康柏西普、诺适得等。出现严重影响患者视觉质量的视网膜劈裂或发生视网膜脱离，可以选择玻璃体切割术，眼轴继续增长的病理性近视可试行后巩膜加固术。
一般屈光度数大于600度的高度近视，眼底改变的比率增加。大于800度或眼轴长度超过26.5毫米的病理性近视眼，眼底常常出现各种异常改变。