小檗碱与肠炎宁的首要区别，是功效不同和所治疗的疾病不同。
前者小檗碱通过发挥清热燥湿以及止痛行气的作用，对肠道内致病菌具有抑制作用，常用于肠炎的治疗。后者肠炎宁发挥清热解毒、润肠止泻的作用，常用于消化道溃疡、消化不良、腹泻，以及急性胃炎的治疗。
另一区别是药物成分不同，肠炎宁制剂中由地锦草、金毛耳草等多种植物制剂组成。小檗碱是中药黄连提炼的季铵生物碱，现在可以人工合成。不同的药物组成，发挥不同的药物功效。
另一方面，小檗碱与肠炎宁主要用于肠道疾病的治疗，对于中、重度的胃肠道的感染，需要辅助使用一些抗菌药物。