会厌囊肿进行手术并不复杂，且手术时间也不是很长。手术方式多采用支撑喉镜插入到相应位置，将生长在软骨上的囊性组织摘除。正常的手术所需时间大约为十几分钟左右，手术之后要精心护理，则需要有一段恢复时间，一般需要半个月到一个月左右的恢复期。
另外，会厌囊肿若没有明显的临床症状时，通常以观察为主，并不主张手术治疗。若合并炎症感染且有逐渐增大较为明显，或者对较大的会厌囊肿，造成患者有诸多不适感，尤其是吞咽等异物感较为明显时，则可考虑手术治疗。