肺栓塞这种疾病有的时候可能会与其他原因导致的胸闷、呼吸困难相混淆，比如慢阻肺、支气管扩张、肺间质疾病、心功能不全等相关的情况。尤其是病人如果在这些疾病的基础上合并有肺栓塞，更容易造成误诊。
另外，肺栓塞有的时候还能够表现为单纯的晕厥，这种情况下也有可能会误诊为心脏病，或者脑血管的疾病，甚至误诊为体位性的晕厥。
另外，肺栓塞有的时候还能够误诊为肺炎，肺栓塞如果合并有肺梗死，甚至可以出现发热、咳嗽、咳痰，甚至是咳血痰的症状。胸部CT也有可能会表现为胸膜下的斑片状影，可能会类似于肺炎这种疾病，这种情况也是应该提高警惕的。