在临床上慢性淋菌性精囊炎它的表现类似于慢性非特异性前列腺炎的表现，可以出现尿频、尿急、尿痛、尿不尽等尿路刺激症状，同时可以在会阴部、肛门周围出现坠胀疼痛不适的感觉，有压迫感。这种疼痛的感觉不是很明显。肛门的直肠指诊，可以发现精囊没有明显的增大，压痛也不明显，但是大部分患者的精囊质地偏硬。
在临床上要治疗慢性淋菌性精囊炎疗效不是很理想，多采用综合的治疗办法，常用一些抗淋菌性的感染为主的抗生素，常用的有头孢类药物、大环内酯类类、喹诺酮类、四环素类的抗生素，同时要告诉患者注意休息，局部治疗，同时可以采用中医中药的办法进行系统治疗。