引起咽鼓管功能障碍的原因有很多，临床上最常见的是炎症引起的。
咽鼓管是连接着咽部、鼻部和耳部这三个器官的一个很重要的通路，咽鼓管如果出现了障碍通常不是自身的问题，可能是周围这三个器官的问题。如果咽、耳、鼻出现了炎症，就会迁延至咽鼓管功能性障碍，要进行原发病的治疗才可以。
另外还要排除占位病变，比如鼻咽部长东西、咽鼓管通路上长东西等使其堵塞，这种情况也是存在的。除此之外张嘴或者咬牙时的运动、肌肉功能变差，也会导致咽鼓管功能障碍。