除皱针的副作用主要是注射之后出现的过敏反应，以及相应的全身肉毒素中毒症状，并且在进行除皱针注射之后，面部表情及麻痹之后出现的面部运动不协调的情况。这些情况根据除皱针注射的药物，注射用A型肉毒毒素，其生物性质一般可以维持半年左右。
之后局部的形态就会慢慢恢复，发生相应的不良反应也会消退，所以求美者也不用过于纠结除皱针所产生的这些副作用。除皱针的过敏反应一般会在注射除皱针大概1~2周的时间消退掉，主要表现为注射位置的发红、肿胀和疼痛。
注射除皱针之后如果剂量过大，并且相应向全身其他的位置弥散，就会导致呼吸困难以及吞咽困难、全身无力的情况。一般给予对症支持治疗之后、药物代谢之后，局部的情况以及全身的情况将会得到缓解。面部表情不自然的情况一般需要注射2个月左右才会自行恢复。