临床上，很多慢性前列腺炎的患者，其明确诊断不是通过直接诊断的方式进行，而是在排除其他疾病的情况下而明确。
如果按摩前列腺后取前列腺液，检查后发现前列腺中有大量白细胞，则可以直接诊断为慢性前列腺炎。有时往往是检测不到，或者是患者拒绝行前列腺的按摩，因为取前列腺液为一种有创治疗，伴有痛苦。
此时只能选择排除的方式，可以检测尿常规、泌尿系彩超等，如果发现上述两种检查均无异常，但患者仍有尿频、会阴部疼痛等症状，基本可以明确诊断为慢性前列腺炎。