预防小袋纤毛虫病有三个方面。
首先，要注意自己的饮食卫生，小袋纤毛虫病属于消化系统的传染病，把好饮食关非常重要，不要喝生水，也不要进食未加工成熟的食物。
其次，要对发生小袋纤毛虫病的患者加强控制，重点是加强患者粪便的管理，患者不要随地大便，防止对周围环境造成污染。
第三，要加强对周围环境的管理，猪的体内可以有小袋纤毛虫寄生，要对猪粪进行专门的管理，必要时进行严格的消毒，避免对食物或水源造成污染。