在进行膀胱灌注前，应当让患者平躺，使用碘伏或者是其他的消毒液体对下体局部进行消毒，然后铺上无菌巾，选取一次性的导尿管，使用镊子将其夹住，一端插入到尿道内。在插入的过程当中动作不要过大，一定要轻柔、缓慢插入，避免对尿道造成损伤。在插入完毕以后，使用注射器抽取灌注液，然后打入到膀胱内部。
在注入以后，患者也要变换不同的体位，使膀胱壁各个部分都能够充分浸润药液，持续时间为半小时到一个小时左右。但是，在灌注后可能会出现膀胱刺激征，属于正常现象。