范科尼综合征属于遗传性的疾病，治疗方面主要针对患者的临床表现和并发症进行相应的治疗。首先要针对病因进行治疗，如果是因为重金属中毒引起的范科尼综合征，通过促进毒物的排泄，起到减少对肾小管损害的作用。
其次，要针对范科尼综合症的症状，进行相应的对症治疗，比如要纠正酸中毒，可以使用枸橼酸盐、乳酸盐等。如果患者有低钾血症，应当同时补钾治疗。由于该病患者口渴、多饮、多尿，容易导致患者脱水，所以应当积极的补充液体。
针对患者出现的低磷血症，可以应用中性磷酸盐治疗；如果患者出现低钙血症，可以应用活性维生素D，一般从小剂量开始。患者进入终末期肾病尿毒症，需要透析治疗或者进行肾脏移植治疗。