怀孕39天可以进行药流，因为在怀孕39天时孕囊开始长大，适合进行药物流产。
但是在进行药物流产前，需要进行详细的检查，应当先明确是否为宫内孕，能够发现孕囊存在。孕妇的年龄不应当大于40岁，并且没有药物流产的一些禁忌证，在符合以上条件后，才可以进行药物流产。
在进行药物流产以后也要注意观察，如果发现阴道存在持续出血的情况，可能是没有流干净，还应就医复查。如果确定子宫内存在残留物，必要时还应进行清宫手术。在流产期间要多休息，注意生理卫生。