矮小症的原因如下：
1.生长激素缺乏或分泌不足。主要是由于下丘脑垂体发生器质性病变，包括感染、肿瘤放射性损伤、颅脑损伤等。
2.遗传性因素。家族中有身材矮小的病史，直系亲属矮小症可能性大。
3.生长激素不敏感引起。主要是由于基因突变和染色体异常引起。
4.内分泌和代谢系统疾病。包括先天性甲状腺功能减退、皮质醇增多症、黏多糖病等，都有可能会引起矮小。
在临床当中矮小症是指儿童的身高低于同性别、同年龄儿童的两个标准差。