噬血细胞综合症的发生是多种因素所导致的。它可以分为原发性的噬血细胞综合症和继发性的噬血细胞综合症。原发性的噬血细胞综合症往往和遗传因素有着一定的关系，发病时间比较早，多数的患者是在1岁以内发病。
继发性的噬血细胞综合症可以由于多种原因所引起，临床上见到比较多的是由于感染导致的噬血细胞综合症。多是由于病毒感染所引起，也可以由于细菌感染、真菌感染、立克次体感染以及原虫感染所引起。
一些恶性肿瘤也有可能会导致噬血细胞综合症的发生，比如急性白血病，淋巴瘤或者是精原细胞瘤的患者有可能会继发噬血细胞综合症。有一些噬血细胞综合症的发生，还有可能和一些自身免疫性疾病或者是药物等有关系。