慢性肾功能不全是一种功能性的诊断，导致慢性肾功能不全的原因很多，不同的原因导致的慢性肾功能不全，采用的药物治疗方法并不完全相同。
对于慢性肾小球肾炎导致的慢性肾功能不全，由于患者存在蛋白尿和高血压，药物选择方面，首先推荐的是血管紧张素转换酶抑制剂或者血管紧张素受体拮抗剂，比如厄贝沙坦、依那普利等，这些药物要从小剂量开始使用，要观察血钾、血肌酐的变化。如果是因为糖尿病肾病导致的，要积极的控制血糖，使用降糖的药物，主要是以胰岛素为主。
如果是因为尿酸性肾病导致的，要积极控制血尿酸，使用非布司他。针对贫血，应当使用促细胞生成素及铁剂。针对钙磷代谢紊乱，使用活性维生素D。针对酸中毒，使用碳酸氢钠。