单纯的小儿消化不良不会引起发烧。但是如果消化不良继发孩子的感染，就容易引起发烧的现象。
因为孩子出现消化不良的现象时，其免疫功能也会出现下降，从而导致呼吸道或者消化道出现感染，从而引起发烧的情况。而且小儿消化不良引起的发烧，属于低烧，不会超过37.5℃。主要是在37.1℃~37.3℃左右，在临床上还没有达到发烧的一个水平。
如果孩子消化不良的同时出现高热的现象，可能是其他疾病和因素导致，需要尽快到医院查明发烧的原因，对症治疗。