舌咽神经痛一般依靠临床症状，以及相应的辅助检查明确诊断。
舌咽神经痛往往出现在单侧的舌根、咽喉以及扁桃体，还有耳根部以及下颌后部，有可能以耳根部发生疼痛为主要的临床表现。疼痛通常都是骤然发作，随即突然停止，有可能会在吞咽、说话以及进食，还有咳嗽以及打哈欠时出现。
同时，舌咽神经痛还有一个比较明显的特征，就是疼痛存在扳机点。需要临床症状，结合影像学检测，比如CT检测以及磁共振检测明确诊断，需要区分疾病到底是原发性舌咽神经痛，还是继发性。