脓毒症最常见的并发症主要是休克，在致病微生物以及其代谢产物的影响下，还会使全身各组织器官出现严重的损伤，患者可出现肠麻痹、中毒性心肌炎、中毒性脑病、应激性溃疡等。还容易使患者出现心内膜炎、心包炎、化脓性脑膜炎、急性呼吸窘迫综合征等一系列并发症。
病原体侵入到血液系统之后会形成大量的毒素，具有非常高的死亡率，尤其是老年患者、儿童或者具有其他基础疾病的患者，这类人群患有脓毒症之后，病情更加凶险。
因此，一旦发病之后，应该积极清除感染病灶，维持重要的器官功能，对于一些并发症也要及时做出恰当的处理。