在临床上，如果怀孕以后，发现有甲状腺功能减退的话，需要立即开始治疗。治疗的目的是为了达到妊娠期TSH在正常范围之内。这是由于妊娠期甲状腺功能减退，会损害到后代的神经智力的发育，尤其是在怀孕的早期。另外，它还能够增加早产、流产、低体重儿以及死胎和妊娠期高血压疾病，这样的一些风险。所以在临床上需要给予积极的治疗。
首选的药物是选择左旋甲状腺素进行治疗。对已经患临床甲减计划怀孕的女性，要把TSH控制在小于2.5水平以后再怀孕。在怀孕1到20周的女性，如果有甲减的话，要四周检查一次TSH。