高锰酸钾在临床上可以治疗外阴炎症或者是阴道炎症。
另外，如果是阴道或者是外阴局部有手术切口的情况下，也可以用高锰酸钾溶液进行清洗。因为高锰酸钾属于强氧化剂，在临床上有杀菌消毒的功效，所以常常配制成1/5000的溶液给予阴道局部清洗消毒，对女性的疾病会达到辅助性治疗的作用。
如果是滴虫性阴道炎的情况下，单纯地用高锰酸钾给予冲洗或者是坐浴，往往只能改变阴道局部的酸碱度，并不能达到彻底治愈的目的。所以在应用高锰酸钾的同时，也可以考虑用其他的药物共同治疗，这样才能使相应的疾病达到彻底治愈的目的。
高锰酸钾在使用过程中一定注意浓度，如果浓度过浓，有可能会导致皮肤黏膜的损伤。