巩膜炎的后遗症主要有：
1.角膜损伤。巩膜炎没有及时得到治疗会累及角膜导致角膜的炎症，当角膜炎较重的时候会出现瘢痕，对角膜的透明度产生影响。
2.视力损伤。巩膜炎发生以后，会导致患者出现一些并发症，如葡萄膜炎、白内障等，这些会导致患者视力的损伤。
3.视神经损伤。巩膜炎会导致患者眼压升高、眼底病变等，会导致患者视神经发生损伤，患者视野会出现损伤。
4.其他。巩膜炎多与全身性的自身免疫病相伴发，如系统性红斑狼疮等，会导致患者出现关节肿痛、肌肉疼痛等，还可能会导致患者的肾脏出现一些后遗症。