肝功能不全需要保肝治疗、联合病因治疗。常用的保肝药物包括肝还原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰胆碱、复方甘草酸苷等。对于轻度的肝功能不全可以口服上述药物，中度和重度肝功能不全需要静点上述药物，同时需要针对病因治疗。
如果是甲肝、戊肝等肝炎病毒导致的肝功能不全，需要隔离，一般1到2周能够恢复。如果是乙肝、丙肝等肝炎病毒导致的需要抗病毒治疗。乙肝患者可以口服核苷酸类似物，比如恩替卡韦、替诺福韦治疗。丙肝患者可以口服索磷布韦、维帕他韦等直接抗病毒药物治疗。
如果是酒精肝导致的肝功能不全，需要戒酒。如果是药物肝导致的肝功能不全需要及时停用相关药物。如果是自身免疫相关的肝功能不全需要长期用熊去氧胆酸或免疫抑制剂治疗。