肛窦炎的患者，如果是由于细菌感染所引起，一般是需要吃抗生素药物，比如吃头孢类的抗生素药物，或者是奥硝唑胶囊、甲硝唑胶囊、克林霉素等药物。
另外，肛窦炎的患者还可以口服一些清热利湿、消肿消坠的中药，进行对症的治疗。肛窦炎往往都是由于肛隐窝受到细菌的感染，出现了局部的疼痛、坠胀或者是导致分泌物的发生。主要就是以药物对症治疗为主，可以采用中药保留灌肠，还可以使用一些抗生素药物肛管直肠内给药。
另外，形成了肛门周围脓肿的情况下，要通过手术进行治疗，避免脓肿进一步蔓延。