患者咳嗽时出现腹痛主要有以下两个原因：
一、如果患者长期咳嗽，并且咳嗽也比较严重，确实是会有肚子疼的状况，因为患者咳嗽剧烈，引起的腹部肌肉过度紧张，腹压增加从而引起腹痛，不需要太过担心，待咳嗽缓解后腹痛也会消失。
二、患者可能患有消化系统癌症，转移至肺部，导致咳嗽的同时有腹痛，例如食管癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一，食管癌很有可能会侵犯喉返神经，并引起刺激性的干咳。
具体治疗方法，主要通过手术、放疗、化疗、免疫治疗及靶向治疗等，建议者应尽快的去医院查明原因，并对症进行处理。