肛瘘术后疤痕增生有可能影响术后病情的恢复，甚至是加重肛瘘的病情，甚至导致感染反复发作。
因为如果肛瘘术后瘢痕增生过快，有可能会形成切口处假性愈合，即表面皮肤愈合，但皮下组织未填满切口。切口就会形成一个潜行的窦道，反复向肛外流出分泌物。时间长了特别容易诱发新的感染，形成肛周脓肿，肛周脓肿破溃后再次形成肛瘘。
如果发现肛瘘术后疤痕增生过快，要及时将斑痕切除，使肉芽从切口底部朝上生长，这样切口才能彻底愈合。