卡氏肺囊虫又叫卡式肺孢子菌。现代医学对于卡氏肺囊虫进行基因测序，以后发觉卡式肺囊虫与现代的真菌有很多基因相似的位置。因此，我们把卡氏肺囊虫也叫做卡式肺孢子菌。
通常卡氏肺囊虫感染多数为免疫力低下的人群。例如艾滋病、长期运用激素、肿瘤或者是一些应用过特殊的药物的患者；还有一些是有基础病的，比如糖尿病、肝肾功能障碍的患者。
感染了卡氏肺囊虫以后，可以让患者口服磺胺类的药物治疗，治疗的周期通常是21天左右。通过21天有效的杀菌治疗，绝大部分的卡氏肺囊虫的患者可以得到痊愈。但是也有一部分患者治疗效果比较差，甚至存在耐药的情况，会导致急性的呼吸衰竭甚至死亡。