心房颤动不一定会发生中风。是否会发生中风，需要结合患者有没有发生血栓栓塞的危险因素。单纯心房颤动的患者，没有其它的慢性病或者是危险因素，发生血栓栓塞导致脑中风的几率非常低。
但是如果合并了一些危险因素，发生血栓栓塞的风险就会增高。这些危险因素主要包括年龄、性别、脑血管疾病病史、外周血管的病变、高血压病、糖尿病、心功能下降。而且合并的危险因素越多，发生血栓栓塞的风险也越高。
按照抗凝治疗的评分标准，需要抗凝治疗的，要坚持应用抗凝药物。定期复查凝血酶原时间和国际标准化比值，达到有效的抗凝治疗。一些新型的抗凝药，可以不用检测凝血功能。