发生急性移植物抗宿主病时，主要是累及皮肤，胃肠道以及肝脏，所以病人的症状也主要是以这三个系统的症状为主。
皮肤是最常受累的器官，主要表现为皮肤充血以及斑丘疹，初起的时候可以发生于手掌和足底，随后可以扩展到面颊部、耳部、颈部、躯干以及胸背部，严重的时候，有可能会出现表皮坏死或者是皮肤剥脱。
如果是累及到胃肠道的时候，病人有可能会出现顽固性的腹泻，而且有的时候会伴有厌食、恶心、呕吐，还有可能会出现肠绞痛、便血以及肠梗阻，如果是累及到肝脏，病人有可能会出现黄疸、血清胆红素可以出现增高，碱性磷酸酶也有可能会出现增高。
急性移植物抗宿主病是发生在移植后100天之内，移植后20天到40天发病最多。