上颌软腭癌症状常见的有口臭、颞部疼痛、软腭运动不对称、食物反流至鼻腔、吞咽困难、吞咽痛、牙关紧闭、张口困难等。上颌软腭癌早期仅感口咽不适，症状不明显，易被忽略，之后会出现口臭、咽痛、吞咽痛，可放射至同侧面部和颈部，应用抗生素可暂时减轻症状。
上颌软腭癌查体可见软腭舌面或悬雍垂有新生物，几乎所有的软腭鳞癌都发生于软腭的口腔面，软腭白色病变也常见，可能是粘膜白斑、原位癌或早期浸润癌。
大多数软腭癌就诊时，病变限于软腭或邻近的扁桃体弓，但以肿瘤的体积论，要比舌根部和扁桃体窝的肿瘤体积小。